Struktur Prasarana baru termasuk mewujudkan empat entiti baru - Rapid Rail Sdn Bhd; Rapid Bus Sdn Bhd; Pengurusan Prasarana Bersepadu dan Engineering Services Sdn Bhd (PRIME); dan Prasarana Integrated Development Sdn Bhd, atau PRIDE. Ketika mengumumkan demikian pada taklimat media di Kuala Lumpur pada 3 Januari 2013, Bekas Pengarah Urusan Kumpulan Prasarana Dato' Shahril Mokhtar berkata, langkah itu adalah sebahagian daripada rancangan jangka panjang lima tahun syarikat itu seperti yang digariskan di bawah pelan tindakan Go Forward Plan 2.0 (GFP 2.0).

• Rapid Rail Sdn Bhd
• Rapid Bus Sdn Bhd
• Prasarana Integrated Development Sdn Bhd (PRIDE)
• Prasarana Integrated Management & Engineering Services Sdn Bhd (PRIME)